โคอิจิ เด็กหนุ่มที่อาศัยอยู่ในหมู่บ้านเล็กๆ ในภูมิภาคพัลเดีย โคอิจิหลงใหลในโปเกมอนมาโดยตลอด และใฝ่ฝันที่จะเป็นนักสำรวจโปเกมอน
วันหนึ่ง โคอิจิบังเอิญได้พบกับ คุริฮิโตะ นักสำรวจโปเกมอนผู้มีชื่อเสียง คุริฮิโตะเห็นแววในตัวของโคอิจิ และรับเขาเป็นลูกศิษย์ โคอิจิได้ออกเดินทางร่วมกับคุริฮิโตะเพื่อสำรวจภูมิภาคพัลเดีย ทั้งสองคนได้พบเจอกับโปเกมอนและสถานที่ใหม่ๆ มากมาย ระหว่างการเดินทาง โคอิจิได้เรียนรู้เกี่ยวกับโปเกมอนมากขึ้น และเติบโตขึ้นในฐานะนักสำรวจโปเกมอน ในที่สุด โคอิจิก็ได้พิสูจน์ตัวเองว่าเขาเป็นนักสำรวจโปเกมอนที่แท้จริง เขาสามารถช่วยปกป้องภูมิภาคพัลเดีย จากภัยคุกคามได้สำเร็จ